Российская подводная лодка специального назначения бесследно пропадает при выполнении секретного задания в Гренландском море. На её поиски направляется экипаж во главе с Виктором Ворониным, чей брат Александр командовал исчезнувшим ракетным крейсером. Цель у моряков ясна: обнаружить субмарину любой ценой и предотвратить захват новейшего сверхсекретного оружия противником.
Параллельно из-за геологических работ на полярной станции в арктических водах пробуждается Кракен — громадное существо, умеющее растворяться в морском мраке и обладающее непостижимым разумом. С этим древним чудовищем и предстоит встретиться команде Виктора Воронина в ходе поисков пропавшей подлодки.